Przyspieszenie i wzmocnienie reakcji na pojawienie się nowych wirusów układu oddechowego.
Sieć laboratoriów wirusologicznych wykorzystujących tę samą technikę w celu uzyskania szybkich, wiarygodnych i porównywalnych wyników.
W celu wzmocnienia naszej gotowości i szybkości reagowania w przypadku pojawienia się nowych wirusów, w ramach badania Discovery, w ramach europejskiego projektu EU-RESPONSE, stworzono VIRvOLT, co oznacza Wirusologiczne Laboratoria Operacyjne do Testowania Leków. Opracowany przez CNR (Narodowe Centrum Referencyjne ds. Wirusów Zakażeń Układu Oddechowego) Hospicjów Civils de Lyon (HCL-France), we współpracy z bioMérieux, VIRvOLT – obecnie dostępny w ramach europejskiego projektu PROACT EU-RESPONSE – to narzędzie gotowości kryzysowej, które uzupełnia sieć kliniczną o laboratoria wirusologiczne na miejscu.
Laboratoria VIRvOLT mogą szybko mierzyć znormalizowane miana wirusa w próbkach oddechowych i dostarczać porównywalne wyniki niezależnie od zastosowanej platformy molekularnej. Dzięki VIRvOLT i naszej ciągłej pracy nad harmonizacją technik, możemy w dowolnym momencie ocenić skuteczność wirusologiczną testowanych terapii, zarówno w odniesieniu do wyników pośrednich, jak i końcowych.
Jedenaście europejskich laboratoriów wirusologicznych pomyślnie ukończyło proces walidacji i dołączyło do VIRvOLT. Przeprowadzają one Zewnętrzną Ocenę Jakości i raz w roku uczestniczą w pracach grupy roboczej. Sieć ta ma na celu integrację nowych partnerów i obecnie utrzymuje kontakt z laboratoriami w Irlandii, Norwegii i Włoszech.
Contacts
Nathalie Bergaud
Project manager
nathalie.bergaud01@chu-lyon.fr
Maude Bouscambert-Duchamp
Virologist
maude.bouscambert-duchamp@chu-lyon.fr
Alexandre Gaymard
Virologist
alexandre.gaymard@chu-lyon.fr
Sieć Europejskich Laboratoriów Wirusologicznych
VIRvOLT – Wirusologiczne Laboratoria Operacyjne do Testowania Leków
LHUB-ULB – Laboratoire Hospitalier Universitaire de Bruxelles
Brussels – Belgium
LHUB-ULB – Laboratorium Szpitala Uniwersyteckiego w Brukseli
Zakład mikrobiologii LHUB-ULB odpowiada za analizy laboratoryjne wykonywane w ramach profilaktyki, diagnostyki i leczenia pacjentów cierpiących na choroby zakaźne. W tym kontekście naszą misją jest dostarczanie wysokiej jakości wyników w zoptymalizowanym czasie reakcji poprzez promowanie efektywności, najnowocześniejszych technologii, wiedzy specjalistycznej i interdyscyplinarności oraz ścisłą współpracę z klinicystami z naszych szpitali partnerskich.
Zakład mikrobiologii składa się z 6 klinik i oddziałów medycznych i prowadzi swoją działalność w każdym z 4 naszych ośrodków.
Zakład mikrobiologii prowadzi również działalność ekspercką w zakresie badania i nadzoru nad niektórymi zakażeniami w Belgii i jest gospodarzem 4 krajowych centrów referencyjnych (Staphylococcus spp., Campylobacter spp., Haemophilus influenza spp. i Legionella spp.). Prowadzi również projekty badawcze w dziedzinie diagnostyki, epidemiologii i oporności na leki przeciwzakaźne.
Contacts: Benoit.PREVOST(at)LHUB-ULB.BE
Faculty Hospital
Department of Clinical Microbiology and Immunology
Brno – Czech Republic
Szpital Wydziałowy, Katedra Mikrobiologii Klinicznej i Immunologii
Diagnostyka laboratoryjna
- Mikrobiologia molekularna (Multiplex PCR – wirusy opryszczki, układ oddechowy, zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, układ pokarmowy, choroby przenoszone drogą płciową, HAV, HBV, HCV, HEV, Borrelia i inne)
- Bakteriologia, Parazytologia, Mykologia, antybiotykooporność
- Immunologia zakaźna (oznaczanie przeciwciał przeciwko różnym czynnikom wirusowym i bakteryjnym)
- Immunopatologia (oznaczanie przeciwciał w chorobach autoimmunologicznych, alergiach)
- BSL2 Laboratoria
Contacts: Kaevska.Marija(at)fnbrno.cz / ZdrazilovaDubska.Lenka(at)fnbrno.cz / Mrkvicova.Martina(at)fnbrno.cz
CNR – National Reference Centre for viruses of infectious diseases
Lyon – France
CNR – Krajowe Centrum Referencyjne ds. Wirusów Chorób Zakaźnych
Wyznaczone przez Ministerstwo Zdrowia, a w szczególności przez Generalną Dyrekcję Zdrowia (DGS) i Santé Publique France (SPF), w celu zapewnienia wiedzy specjalistycznej na temat grypy i innych wirusów układu oddechowego.
Część Instytutu Czynników Zakaźnych (IAI):
- Ekspertyza mikrobiologiczna, w tym wirusologiczna
- Biologia molekularna, hodowla wirusów, serologia, neutralizacja surowicy
- Dostęp do placówek BSL 3
Misje
Krajowy nadzór nad epidemiologią wirusów układu oddechowego w oparciu o kilka sieci dostarczających próbki do analizy przez CNR
- Lekarze rodzinni
- Laboratoria szpitalne
- Laboratoria prywatne
Krajowy nadzór i zarządzanie w przypadku wystąpienia
Virologists: maude.bouscambert-duchamp(at)chu-lyon.fr & alexandre.gaymard(at)chu-lyon.fr
Project Manager : nathalie.bergaud01(at)chu-lyon.fr
Evaggelismos General Hospital
Department of Clinical Microbiology
Athens – Greece
Szpital Ogólny Evaggelismos, Oddział Mikrobiologii Klinicznej
Wydział Mikrobiologii Klinicznej to laboratorium szpitalne należące do największego greckiego Szpitala Ogólnego w Atenach (Szpital Ogólny Evaggelismos).
Katedra podzielona jest na podkategorie:
- Katedra Bakteriologii Klasycznej (posiewy krwi, moczu, wymazów z dróg oddechowych itp., analiza MALDI-TOF, Mykologia, Parazytologia)
- Katedra Serologii (oznaczanie IgG, IgM, IgA i Ag metodami ELISA, IFA, CLIA itp.)
- Katedra Antybiogramów
- Katedra Gruźlicy
- Katedra Diagnostyki Molekularnej (oznaczanie wirusów układu oddechowego, wirusów opryszczki, poliomawirusów, parwowirusa B19 oraz pierwotniaków, takich jak toksoplazmoza i leiszmania, metodami biologii molekularnej. Badania epidemiologii molekularnej w celu wykrywania oporności patogenów szpitalnych)
Katedra jest laboratorium BSL-2 i jest częścią krajowej sieci diagnostycznej SARS-CoV-2
Contact: ekraniot(at)yahoo.com
University of Pécs Clinical Center
Department of laboratory medicine – Unit of molecular genetics
Pécs – Hungary
Centrum Kliniczne Uniwersytetu w Peczu, Katedra Medycyny Laboratoryjnej – Zakład Genetyki Molekularnej
- Laboratorium diagnostyki klinicznej (największy dostawca usług diagnostyki laboratoryjnej w regionie Południowego Zadunaju). W naszym laboratorium wykonujemy ponad 250 rodzajów badań, z czego prawie 2,5 miliona rocznie. Nasz instytut jest laboratorium FJ-3, działającym non-stop, 24 godziny na dobę.
- Zakład Genetyki Molekularnej to laboratorium BSL-2, posiadające status akredytacji Krajowego Urzędu Akredytacyjnego dla 15 procesów badań diagnostycznych w zakresie diagnostyki molekularnej od 2016 roku.
- Paleta diagnostyczna obejmuje badania diagnostyczn e oparte na kwasach nukleinowych w kierunku bakteryjnych i wirusowych patogenów człowieka oraz automatyczne testy serologiczne (analiza jakościowa, ilościowa i genotypowa w kierunku HPV, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, wirusa zapalenia wątroby typu B i C, HSV 1/2, CMV, EBV, PB19 i SARS-CoV-2, oznaczanie przeciwciał anty-spike i anty-nukleokapsydowych IgM/IgG przeciwko SARS-CoV-2).
- Uniwersytet w Peczu stworzył laboratorium bakteriologiczne (hodowle, serologia i analiza MALDI-TOF) w Katedrze Mikrobiologii.
- Jednostka laboratoryjna posiada również akredytację do badań genetycznych w kierunku czynników II i V, MTHFR, APOE oraz mutacji i polimorfizmów genów oporności wielolekowej (MDR).
- Węgierski Narodowy Fundusz Ubezpieczenia Zdrowotnego (NEAK) wyznacza jednostki laboratoryjne do badań patogenów, jeśli potrzeby diagnostyczne lub monitorujące przekraczają możliwości laboratorium centralnego Narodowego Centrum Epidemiologii. Uniwersytet w Peczu został wyznaczony do diagnostyki i monitorowania SARS-CoV-2 w regionie Południowego Zadunaju (3 powiaty).
Contacts: gombos.katalin(at)pte.hu / urban.peter(at)pte.hu
LNS – Laboratoire national de Santé – Department of microbiology
Luxemburg
LNS – Narodowe Laboratorium Zdrowia – Katedra Mikrobiologii
- Instytucja publiczna utworzona na mocy ustawy z dnia 7 sierpnia 2012 r. i działająca pod nadzorem Ministerstwa Zdrowia w Luksemburgu.
- Instytut multidyscyplinarny z 4 Katedrami i 2 Ośrodkami Krajowymi:
- Narodowe Centrum Patologii
- Narodowe Centrum Genetyki
- Biologia Medyczna
- Mikrobiologia
- Medycyna Sądowa
- Ochrona Zdrowia
- Katedra Mikrobiologii: 3 działy
- Bakteriologia – mykologia – antybiotykooporność i higiena szpitalna
- Wirusologia i serologia
- Sekwencjonowanie Patogenów: monitoring epidemiologiczny i genomiczny patogenów będących przedmiotem zainteresowania publicznego
- Katedra ściśle współpracuje z Ministerstwem Zdrowia (MoH) i ECDC w celu wspierania nadzoru nad patogenami.
- Katedra Mikrobiologii jest mianowana Krajowym Laboratorium Referencyjnym ds. Ostrych Zakażeń Układu Oddechowego, HIV i Wirusowego Zapalenia Wątroby.
- Infrastruktura w Katedrze: BSL-3
Contacts: Trung.Nguyen(at)lns.etat.lu / Megane.Migliorini(at)lns.etat.lu / Sabrina.Deroo(at)lns.etat.lu
Respiratory Virus Laboratory of the Medical University of Łódź
Łódź – Poland
Pracownia Wirusów Oddechowych Uniwersytetu Medycznego w Łodzi
Pracownia Wirusów Oddechowych Uniwersytetu Medycznego w Łodzi znajduje się w Łodzi.
Nasze laboratorium dysponuje zapleczem umożliwiającym wykonywanie badań metodami biomolekularnymi.
Pracownia była jednym z pierwszych laboratoriów referencyjnych w Polsce, które uzyskało autoryzację na test laboratoryjny o wysokiej złożoności oparty na molekularnych metodach wykrywania SARS-CoV-2.
Organem nadzoru na szczeblu krajowym jest Państwowy Zakład Higieny, a nasze laboratorium podlega bezpośrednio wyżej wymienionej instytucji centralnej.
Contacts: izabela.drozdz(at)umed.lodz.pl / maciej.borowiec(at)umed.lodz.pl
INSA – National Reference Laboratory for Influenza and other Respiratory Viruses
Lisbon – Portugal
INSA – Narodowe Laboratorium Referencyjne ds. Grypy i Innych Wirusów Układu Oddechowego
Diagnostyka Laboratoryjna
- Multiplex PCR (grypa, SARS-CoV-2, wirus układu oddechowego)
- Hodowla wirusa (grypa, SARS-CoV-2)
- Serologia: Grypa (test hamowania hemaglutynacji)
- SARS-CoV-2 (IgG anty-Spike, IgG anty-nuklokapsyd, IgM; test immunochemiluminescencyjny – Abbott)
- WGS Grypa i SARS-CoV-2
- Testy wrażliwości na leki przeciwwirusowe: Testy fenotypowe i genotypowe
Zakłady laboratoryjne
- BSL2 i BSL3
- Zakład hodowli wirusów; Zespół ds. Bakterii Układu Oddechowego (gruźlica, Legionela, Neisseria, Pneumo, Haemophilus)
Krajowy Program Nadzoru nad Grypą i Innymi Wirusami Grypy
Contacts: isabel.carvalho(at)insa.min-saude.pt / raquel.guiomar(at)insa.min-saude.pt / Nuno.Verdasca(at)insa.min-saude.pt
CCL – CASSOVIA COVID LAB
Kosice – Slovakia
CCL – CASSOVIA COVID LAB
- Akredytowane Laboratorium Diagnostyki Molekularnej COVID-19
- Laboratorium Uniwersyteckie, laboratorium BSL-2
- Część krajowej sieci diagnostyki COVID-19
- Wspólne miejsce pracy 2 Katedr
- Katedra Epidemiologii
- Katedra Biochemii Medycznej i Klinicznej
- Inne metody diagnostyczne: serologia, test neutralizacji surowicy – wyłącznie w ramach projektów badawczych
- Pracownia Bakteriologii znajduje się w Katedrze Mikrobiologii Medycznej i Klinicznej
Contacts: monika.halanova(at)upjs.sk / miroslava.rabajdova(at)upjs.sk
Servicio de microbiologia
Hospital La Paz
Madrid – Spain
Szpital Uniwersytecki La Paz (Servicio de microbiologia)
Szpital Uniwersytecki La Paz to ośrodek opieki trzeciego stopnia w północnej części Madrytu, który przyjmuje ponad 58 000 pacjentów i opiekuje się ponad 1 500 000 pacjentów ambulatoryjnych rocznie. Oddział Mikrobiologii Klinicznej i Parazytologii szpitala jest podzielony funkcjonalnie na kilka jednostek, w tym:
- Wirusologia
- Serologia
- Bakteriologia
- Mykologia
- Parazytologia
- Testy wrażliwości na antybiotyki
- Sekwencjonowanie nowej generacji
- Badania i rozwój mikrobiologii molekularnej
- Laboratorium BSL-3
Oddział Mikrobiologii Klinicznej i Parazytologii wykorzystuje zarówno klasyczne, jak i molekularne techniki mikrobiologiczne, takie jak PCR, sekwencjonowanie całego genomu i metagenomika. Oddział jest również częścią krajowej sieci nadzoru wirusów układu oddechowego, w tym SARS-CoV-2.
Contacts: eliedahdouh(at)gmail.com
Clinical Virology – University Hospital Basel
Basel – Switzerland
Wirusologia Kliniczna – Szpital Uniwersytecki w Bazylei
Misja
Zakład Wirusologii Klinicznej w Szpitalu Uniwersyteckim w Bazylei oferuje kompleksowy zakres analiz diagnostycznych chorób wirusowych u ludzi. Dążąc do rozwoju i walidacji nowych technologii i specjalistycznych testów, ściśle współpracujemy z klinicystami i partnerami akademickimi, aby dostarczać niezawodne, najnowocześniejsze rozwiązania diagnostyczne w zakresie chorób zakaźnych.
Krajowy Nadzór i Centrum Referencyjne WHO
W ramach naszego zaangażowania na rzecz zdrowia publicznego aktywnie angażujemy się w działalność ekspercką, będąc gospodarzami Centrów Referencyjnych WHO ds. Polio i Enterowirusów oraz Krajowego Centrum Potwierdzeń ds. Testów Diagnostycznych w kierunku HIV. Wyznaczeni przez Federalny Urząd Zdrowia Publicznego w Szwajcarii, oferujemy specjalistyczną wiedzę na temat grypy i innych wirusów układu oddechowego, wspierając krajowe działania w zakresie nadzoru i reagowania.
Laboratoria i diagnostyka
Nasze możliwości laboratoryjne obejmują szeroki wachlarz metod diagnostycznych, takich jak multipleksowe testy PCR, serologia, hodowle wirusów, testy wrażliwości na leki przeciwwirusowe (fenotypowe i genotypowe), sekwencjonowanie nowej generacji oraz sekwencjonowanie Nanopore trzeciej generacji. Łącząc najnowocześniejsze technologie z naszą wiedzą specjalistyczną i ścisłą współpracą z zespołami klinicznymi i naukowcami, dążymy do świadczenia wysokiej jakości usług diagnostycznych oraz przyczyniamy się do monitorowania i badań nad chorobami zakaźnymi.
Contacts: karoline.leuzinger(a)usb.ch, rainer.gosert(a)usb.ch