Uusien hengitystievirusten ilmaantumiseen reagoimisen nopeuttaminen ja vahvistaminen.
Virologian laboratorioiden verkosto, joka käyttää samaa tekniikkaa nopeiden, luotettavien ja vertailukelpoisten tulosten saamiseksi.
Valmiutemme ja reagointikykymme vahvistamiseksi uuden viruksen ilmaantuessa ja Discovery-tutkimuksen puitteissa luotiin osana eurooppalaista EU-RESPONSE-projektia VIRvOLT, joka on lyhenne sanoista Virology Operational Laboratories for drug Testing. Hospices Civils de Lyonin (HCL-Ranska) CNR:n (National Reference Centre for viruses of respiratory infections) kehittämä VIRvOLT – joka on nyt eurooppalaisen PROACT EU-RESPONSE -projektin käytettävissä – on kriisivalmiustyökalu, joka täydentää kliinistä verkostoa paikan päällä olevilla virologian laboratorioilla.
VIRvOLTin laboratoriot voivat nopeasti mitata normalisoituja viruskuormia hengitystienäytteistä ja tarjota vertailukelpoisia tuloksia käytetystä molekyylialustasta riippumatta. VIRvOLTin ja jatkuvan työmme ansiosta tekniikoiden yhdenmukaistamiseksi voimme arvioida testattujen hoitojen viraalista tehokkuutta milloin tahansa sekä väli- että lopputulosten osalta.
Yksitoista eurooppalaista virologian laboratoriota on suorittanut validointiprosessin onnistuneesti ja liittynyt VIRvOLTiin. Ne suorittavat ulkoisen laadunarvioinnin ja osallistuvat työryhmään kerran vuodessa. Tämän verkoston tavoitteena on integroida uusia kumppaneita, ja se on tällä hetkellä yhteydessä laboratorioihin Irlannissa, Norjassa ja Italiassa.
Contacts
Nathalie Bergaud
Project manager
nathalie.bergaud01@chu-lyon.fr
Maude Bouscambert-Duchamp
Virologist
maude.bouscambert-duchamp@chu-lyon.fr
Alexandre Gaymard
Virologist
alexandre.gaymard@chu-lyon.fr
Eurooppalaisten virologian laboratorioiden verkosto
VIRvOLT – Virologian operatiiviset laboratoriot lääketestausta varten
LHUB-ULB – Laboratoire Hospitalier Universitaire de Bruxelles
Brussels – Belgium
LHUB-ULB – Brysselin yliopistollisen sairaalan laboratorio
LHUB-ULB:n mikrobiologian osasto vastaa tartuntatauteja sairastavien potilaiden ennaltaehkäisevän, diagnostisen ja terapeuttisen hoidon aikana suoritettavista laboratorioanalyyseistä. Tässä yhteydessä tehtävämme on tuottaa laadukkaita tuloksia optimaalisessa vasteajassa edistämällä tehokkuutta, huipputeknologiaa, asiantuntemusta ja monitieteisyyttä sekä vahvaa vuorovaikutusta yhteistyökumppanisairaalojemme kliinikoiden kanssa.
Mikrobiologian osasto koostuu kuudesta klinikasta ja lääketieteellisestä yksiköstä, ja se toimii jokaisessa neljästä toimintakeskuksestamme.
Mikrobiologian osasto suorittaa myös asiantuntijatyötä tiettyjen infektioiden tutkimuksessa ja seurannassa Belgiassa ja sillä on neljä kansallista vertailukeskusta (Staphylococcus-lajit, Campylobacter-lajit, Haemophilus influenzae ja Legionella-lajit). Se toteuttaa myös tutkimusprojekteja diagnostiikan, epidemiologian ja infektiolääkkeiden vastustuskyvyn aloilla.
Contacts: Benoit.PREVOST(at)LHUB-ULB.BE
Faculty Hospital
Department of Clinical Microbiology and Immunology
Brno – Czech Republic
Tiedekuntasairaalan kliinisen mikrobiologian ja immunologian osasto
Laboratoriodiagnostiikka
- Molekyyleihin perustuva mikrobiologia (Multiplex PCR – herpesvirukset, hengitystieinfektiot, aivokalvontulehdus, maha-suolikanavan infektiot, sukupuolitaudit, HAV, HBV, HCV, HEV, Borrelia, muut)
- Bakteriologia, parasitologia, mykologia, antibioottiresistenssi
- Infektioimmunologia (vasta-aineiden osoitus erilaisia virus- ja bakteeritauteja vastaan)
- Immunopatologia (vasta-aineiden osoitus autoimmuunisairauksissa, allergioissa)
- BSL2 Laboratorioyksiköt
Contacts: Kaevska.Marija(at)fnbrno.cz / ZdrazilovaDubska.Lenka(at)fnbrno.cz / Mrkvicova.Martina(at)fnbrno.cz
CNR – National Reference Centre for viruses of infectious diseases
Lyon – France
CNR – Tartuntatautien virusten kansallinen viitekeskus
Terveysministeriön, erityisesti terveysviraston (DGS) ja Santé Publique Francen (SPF), nimeämä tarjoamaan asiantuntemusta influenssan ja muiden hengitystievirusten alalla
Osa tartuntatautien instituutista (IAI):
- Mikrobiologinen asiantuntemus, mukaan lukien virologinen asiantuntemus
- Molekyylibiologia, virusviljely, serologia, seerumin neutralointi
- Pääsy BSL 3 -tiloihin
Tehtävät
Hengitystievirusten epidemiologian kansallinen seuranta, joka perustuu useisiin verkostoihin, jotka tarjoavat näytteitä CNR:n analysoitavaksi
- Yleislääkärit
- Sairaalalaboratoriot
- Yksityiset laboratoriot
Kansallinen seuranta ja hallinta tartuntatapauksissa
Virologists: maude.bouscambert-duchamp(at)chu-lyon.fr & alexandre.gaymard(at)chu-lyon.fr
Project Manager : nathalie.bergaud01(at)chu-lyon.fr
Evaggelismos General Hospital
Department of Clinical Microbiology
Athens – Greece
Evaggelismoksen yleissairaalan kliinisen mikrobiologian osasto
Kliinisen mikrobiologian osasto on sairaalalaboratorio, joka kuuluu Kreikan suurimpaan yleissairaalaan Ateenassa (Evaggelismoksen yleissairaala).
Osasto on jaettu alaosastoihin:
- Klassisen bakteriologian osasto (veriviljelyt, virtsaviljelyt, hengitystienäytteiden viljelyt jne., MALDI-TOF-analyysi, mykologia, parasitologia)
- Serologian osasto (IgG:n, IgM:n, IgA:n ja Ag:n havaitseminen ELISA:lla, IFA:lla, CLIA:lla jne.)
- Antibioottien osasto
- Tuberkuloosiosasto
- Molekyylidiagnostiikan osasto (hengitystievirusten, herpesvirusten, polyoomavirusten, parvovirus B19:n ja alkueläinten, kuten Toxoplasman ja Leishmanian, havaitseminen molekyylibiologisilla menetelmillä. Molekyyliepidemiologiset tutkimukset sairaalainfektiopatogeenien resistenssin havaitsemiseksi)
Osasto on BSL-2-laboratorio ja osa kansallista SARS-CoV-2:n diagnostisten testien verkostoa
Contact: ekraniot(at)yahoo.com
University of Pécs Clinical Center
Department of laboratory medicine – Unit of molecular genetics
Pécs – Hungary
Pécsin yliopiston kliininen keskus Laboratoriolääketieteen laitos – Molekyyligenetiikan yksikkö
- Kliinisen rutiinin diagnostiikkalaboratorio (Etelä-Transdanubian alueen suurin laboratoriodiagnostiikkapalvelujen tarjoaja) Laboratoriossamme on yli 250 erilaista testiä, joista lähes 2,5 miljoonaa suoritetaan vuosittain. Laitoksemme on FJ-3-laboratorio, joka toimii tauotta 24 tuntia vuorokaudessa.
- Molekulaarisen genetiikan yksikkö on BSL-2-laboratorio, jolla on ollut kansallisen akkreditointiviranomaisen akkreditointi 15 molekyylidiagnostisen testauksen työnkululle vuodesta 2016 lähtien.
- Diagnostiikkapaletti sisältää bakteeri- ja virusperäisten ihmispatogeenien nukleiinihappopohjaisen diagnostisen testauksen ja automatisoidun serologisen testauksen (HPV, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, hepatiitti B- ja C-virus, HSV 1/2, CMV, EBV, PB19 ja SARS-CoV-2 kvalitatiivinen, kvantitatiivinen ja genotyyppianalyysi, SARS-CoV-2 anti-spike- ja anti-nukleokapsidi-IgM/IgG -tunnistus).
- Pecsin yliopisto on kehittänyt mikrobiologian laitokselle bakteriologian laboratorion (viljely, serologia ja MALDI-TOF-analyysi).
- Laboratorioyksikkö on akkreditoitu myös tekijä II:n ja tekijä V:n, MTHFR:n, APOE:n sekä monilääkeresistenssigeenimutaatioiden ja -polymorfismien (MDR) geneettiseen testaukseen.
- Unkarin kansallinen sairausvakuutusrahasto (NEAK) nimeää laboratorioyksiköitä patogeenitestaukseen, jos diagnostisen tai seurannan testaustarve ylittää Kansallisen epidemiologian keskuksen keskuslaboratoriokapasiteetin. Pécsin yliopisto on nimetty vastaamaan SARS-CoV-2-diagnostiikasta ja -seurannasta Etelä-Transdanubian alueella (3 maakuntaa).
Contacts: gombos.katalin(at)pte.hu / urban.peter(at)pte.hu
LNS – Laboratoire national de Santé – Department of microbiology
Luxemburg
LNS – Laboratoire national de Santé – Mikrobiologian laitos
- Julkinen laitos, joka perustettiin 7. elokuuta 2012 annetulla lailla ja toimii Luxemburgin terveysministeriön alaisuudessa
- Monitieteinen laitos, jossa on 4 osastoa ja 2 kansallista keskusta:
- Kansallinen patologian keskus
- Kansallinen genetiikan keskus
- Lääketieteellinen biologia
- Mikrobiologia
- Oikeuslääketiede
- Terveydensuojelu
- Mikrobiologian laitos: 3 palvelua
- Bakteriologia – mykologia – antibioottiresistenssi ja sairaalahygienia
- Virologia ja serologia
- Patogeenien sekvensointi: yleisen edun mukaisten patogeenien epidemiologinen ja genominen seuranta
- Osasto tekee tiivistä yhteistyötä terveysministeriön ja ECDC:n kanssa patogeenien valvonnan tukemiseksi
- Mikrobiologian laitos on nimetty kansalliseksi vertailulaboratorioksi akuuttien hengitystieinfektioiden, HIV:n ja virushepatiitin tutkimiseksi
- Osaston infrastruktuuri: BSL-3
Contacts: Trung.Nguyen(at)lns.etat.lu / Megane.Migliorini(at)lns.etat.lu / Sabrina.Deroo(at)lns.etat.lu
Respiratory Virus Laboratory of the Medical University of Łódź
Łódź – Poland
Łódźin lääketieteellisen yliopiston hengitystieviruslaboratorio
Łódźin lääketieteellisen yliopiston hengitystieviruslaboratorio sijaitsee Łódźissa, Puolassa.
Laboratoriossamme on valmiudet biomolekyylimenetelmien suorittamiseen.
Laboratorio oli yksi Puolan ensimmäisistä referenssilaboratorioista, joka sai luvan monimutkaiselle molekyylipohjaiselle SARS CoV-2 -laboratorion kehittämälle testille.
Valvontaelin kansallisella tasolla on Kansallinen hygieniainstituutti, ja laboratoriomme on suoraan edellä mainitun keskuslaitoksen alainen.
Contacts: izabela.drozdz(at)umed.lodz.pl / maciej.borowiec(at)umed.lodz.pl
INSA – National Reference Laboratory for Influenza and other Respiratory Viruses
Lisbon – Portugal
INSA – Kansallinen influenssan ja muiden hengitystievirusten vertailulaboratorio
laboratoriodiagnostiikka
- Multipleksi-PCR (influenssa, SARS-CoV-2, hengitystievirus)
- Virusviljely (influenssa, SARS-CoV-2)
- Serologia: Influenssa (hemagglutinaation estomääritys)
- SARS-CoV-2 (IgG anti-Spike, IgG anti-nukleokapsidi, IgM; immunokemioluminesenssimääritys – Abbott)
- WGS Influenssa ja SARS-CoV-2
- Antiviraaliherkkyysmääritykset: fenotyyppiset ja genotyyppiset määritykset
Laboratoriotilat
- BSL2 ja BSL3
- Virusviljelyyksikkö; Hengitystiebakteeriyksikkö (TB, Legionela, Neisseria, Pneumo, Haemophilus)
Kansallinen influenssan ja muiden hengitystievirusten valvontaohjelma
Contacts: isabel.carvalho(at)insa.min-saude.pt / raquel.guiomar(at)insa.min-saude.pt / Nuno.Verdasca(at)insa.min-saude.pt
CCL – CASSOVIA COVID LAB
Kosice – Slovakia
CCL – CASSOVIA COVID LAB
- COVID-19:n akkreditoitu molekyylidiagnostiikkalaboratorio
- Yliopiston laboratorio, BSL-2-laboratorio
- Osa COVID-19:n kansallista diagnostiikkaverkostoa
- Kahden osaston yhteinen työpaikka
- Epidemiologian osasto
- Lääketieteellisen ja kliinisen biokemian osasto
- Muut diagnostiset menetelmät: serologia, seerumin neutralisaatiotesti – vain tutkimushankkeiden sisällä
- Bakteriologian laboratorio sijaitsee lääketieteellisen ja kliinisen mikrobiologian osastolla
Contacts: monika.halanova(at)upjs.sk / miroslava.rabajdova(at)upjs.sk
Servicio de microbiologia
Hospital La Paz
Madrid – Spain
La Pazin sairaalan mikrobiologiapalvelut
La Pazin yliopistollinen sairaala on Pohjois-Madridin alueella sijaitseva tertiäärisen hoidon keskus, joka vastaanottaa yli 58 000 potilasta ja hoitaa yli 1 500 000 avohoitopotilasta vuodessa. Sairaalan kliinisen mikrobiologian ja parasitologian osasto on toiminnallisesti jaettu useisiin yksiköihin, joihin kuuluvat:
- Virologia
- Serologia
- Bakteriologia
- Mykologia
- Parasitologia
- Antibioottiherkkyystestaus
- Seuraavan sukupolven sekvensointi
- Molekyylejä käsittelevän mikrobiologian tutkimus ja kehitys
- BSL-3-laboratorio
Kliinisen mikrobiologian ja parasitologian osasto käyttää sekä klassisia että molekyylimikrobiologian tekniikoita, joihin kuuluvat PCR:t, koko genomin sekvensointi ja metagenomiikka. Osasto on myös osa kansallista hengitystievirusten, mukaan lukien SARS-CoV-2, seurantaverkostoa.
Contacts: eliedahdouh(at)gmail.com
Clinical Virology – University Hospital Basel
Basel – Switzerland
Kliininen virologia – Baselin yliopistollinen sairaala
Tehtävä
Baselin yliopistollisen sairaalan kliinisen virologian yksikkö tarjoaa kattavan valikoiman analyysejä virustautien diagnosointiin ihmisillä. Olemme omistautuneet uusien teknologioiden ja erikoistuneiden määritysten edistämiselle ja validoinnille ja teemme tiivistä yhteistyötä kliinikoiden ja akateemisten kumppaneiden kanssa tarjotaksemme luotettavia ja huippuluokan diagnostisia ratkaisuja tartuntatauteihin.
Kansallinen seurantakeskus ja WHO:n viitekeskus
Sitoutumisemme kansanterveyteen on aktiivinen asiantuntijatoiminta, ja meillä on WHO:n polio- ja enterovirusten viitekeskukset sekä HIV-diagnostiikan kansallisen vahvistuskeskuksen. Sveitsin liittovaltion kansanterveysviraston nimeämänä tarjoamme asiantuntemusta influenssan ja muiden hengitystievirusten alalla ja tuemme kansallisia seuranta- ja torjuntatoimia.
Laboratoriotilat ja diagnostiikka
Laboratoriomme ominaisuuksiin kuuluu laaja valikoima diagnostisia menetelmiä, kuten multipleksi-PCR-testaus, serologia, virusviljely, virusten herkkyystestaus (fenotyyppinen ja genotyyppinen), seuraavan sukupolven sekvensointi ja kolmannen sukupolven nanopore-sekvensointi. Yhdistämällä huipputeknologiat asiantuntemukseemme ja vahvaan yhteistyöhön kliinisten tiimien ja akateemisten tutkijoiden kanssa pyrimme tarjoamaan korkealaatuisia diagnostisia palveluita ja osallistumaan tartuntatautien seurantaan ja tutkimukseen.
Contacts: karoline.leuzinger(a)usb.ch, rainer.gosert(a)usb.ch