Uute hingamisteede viiruste esilekerkimisele reageerimise kiirendamine ja tugevdamine.
Viroloogialaborite võrgustik, mis kasutab sama tehnikat kiirete, usaldusväärsete ja võrreldavate tulemuste saamiseks.
Eesmärgiga tugevdada meie valmisolekut ja reageerimisvõimet uue viiruse esilekerkimise korral ning Discovery uuringu raames loodi Euroopa projekti EU-RESPONSE osana VIRvOLT, mis tähistab ravimite testimise viroloogia operatiivlaboreid. Lyoni tsiviilhaiglate (HCL-France) CNR-i (riiklik hingamisteede infektsioonide viiruste referentskeskus) poolt koostöös bioMérieux’ga välja töötatud VIRvOLT – mis on nüüd Euroopa projekti PROACT EU-RESPONSE käsutuses – on kriisiks valmisoleku tööriist, mis täiendab kliinilist võrgustikku kohapealsete viroloogialaboritega.
VIRvOLTi laborid saavad kiiresti mõõta hingamisteede proovides normaliseeritud viiruskoormust ja pakkuda võrreldavaid tulemusi olenemata kasutatavast molekulaarsest platvormist. Tänu VIRvOLTile ja meie pidevale tööle tehnikate ühtlustamisel saame igal ajahetkel hinnata testitud ravimeetodite viiruslikku efektiivsust vahe- või lõpptulemuste osas.
Üksteist Euroopa viroloogialaborit on edukalt läbinud valideerimisprotsessi ja liitunud VIRvOLT-iga. Nad viivad läbi välist kvaliteedihindamist ja osalevad kord aastas töörühmas. Selle võrgustiku eesmärk on integreerida uusi partnereid ja see on praegu ühenduses Iirimaa, Norra ja Itaalia laboritega.
Contacts
Nathalie Bergaud
Project manager
nathalie.bergaud01@chu-lyon.fr
Maude Bouscambert-Duchamp
Virologist
maude.bouscambert-duchamp@chu-lyon.fr
Alexandre Gaymard
Virologist
alexandre.gaymard@chu-lyon.fr
Euroopa viroloogialaborite võrgustik
VIRVOLT – Viroloogia operatsioonilaborid ravimite testimiseks
LHUB-ULB – Laboratoire Hospitalier Universitaire de Bruxelles
Brussels – Belgium
LHUB-ULB – Brüsseli Ülikooli Haigla Laboratoorium
LHUB-ULB mikrobioloogia osakond vastutab nakkushaigustega patsientide ennetava, diagnostilise ja terapeutilise ravi käigus tehtavate laboratoorsete analüüside eest. Selles kontekstis seisneb meie missiooniks kvaliteetsete tulemuste pakkumine optimeeritud reageerimisajaga, edendades tõhusust, tipptehnoloogiaid, asjatundlikkust ja multidistsiplinaarsust ning tugevat suhtlust meie partnerhaiglate arstidega.
Mikrobioloogia osakond koosneb 6 kliinikust ja meditsiiniüksusest ning tegutseb kõigis meie 4 tegevuskeskuses.
Mikrobioloogia osakond tegeleb ka ekspertiisiga teatud infektsioonide uurimisel ja seirel Belgias ning seal asub 4 riiklikku referentskeskust (Staphylococcus’i liigid, Campylobacter’i liigid, Haemophilus influenzae ja Legionella liigid). Samuti viib see läbi uurimisprojekte diagnoosimise, epidemioloogia ja infektsioonivastaste ravimite resistentsuse valdkonnas.
Contacts: Benoit.PREVOST(at)LHUB-ULB.BE
Faculty Hospital
Department of Clinical Microbiology and Immunology
Brno – Czech Republic
Teaduskonnahaigla kliinilise mikrobioloogia ja immunoloogia osakond
Labordiagnostika
- Molekulaarmikrobioloogia (multipleks-PCR – herpesviirused, hingamisteede, meningiidi, seedetrakti, sugulisel teel levivate infektsioonide, HAV, HBV, HCV, HEV, Borrelia, muud)
- Bakterioloogia, parasitoloogia, mükoloogia, antibiootikumiresistentsus
- Nakkuslik immunoloogia (antikehade tuvastamine erinevate viiruslike ja bakteriaalsete ainete vastu)
- Immunopatoloogia (antikehade tuvastamine autoimmuunhaiguste, allergiate korral)
- BSL2 laboriüksused
Contacts: Kaevska.Marija(at)fnbrno.cz / ZdrazilovaDubska.Lenka(at)fnbrno.cz / Mrkvicova.Martina(at)fnbrno.cz
CNR – National Reference Centre for viruses of infectious diseases
Lyon – France
CNR – Nakkushaiguste viiruste riiklik referentskeskus
Tervishoiuministeeriumi, täpsemalt tervishoiu peadirektoraadi (DGS) ja Santé Publique France’i (SPF) poolt määratud pakkuma ekspertiisi gripi ja muude hingamisteede viiruste alal
Nakkustekitajate instituudi (IAI) osa:
- Mikrobioloogiline ekspertiis, sh viroloogiline ekspertiis
- Molekulaarbioloogia, viiruskultuur, seroloogia, seerumi neutraliseerimine
- Juurdepääs BSL 3 rajatistele
Missioonid
Hingamisteede viiruste epidemioloogia riiklik seire, mis põhineb mitmel võrgustikul, mis pakuvad CNR-ile analüüsimiseks proove
- Perearstid
- Haigla laborid
- Eralaborid
Riiklik seire ja juhtimine nakkushaiguste tekkimise korral
Virologists: maude.bouscambert-duchamp(at)chu-lyon.fr & alexandre.gaymard(at)chu-lyon.fr
Project Manager : nathalie.bergaud01(at)chu-lyon.fr
Evaggelismos General Hospital
Department of Clinical Microbiology
Athens – Greece
Evaggelismose Üldhaigla kliinilise mikrobioloogia osakond
Kliinilise mikrobioloogia osakond on haigla labor, mis kuulub Kreeka suurimale üldhaiglale Ateenas (Evaggelismose Üldhaigla).
Osakond on jagatud allosakondadeks:
- Klassikalise bakterioloogia osakond (verekultuurid, uriinikultuurid, hingamisteede proovide kultuurid jne, MALDI-TOF analüüs, mükoloogia, parasitoloogia)
- Seroloogia osakond (IgG, IgM, IgA ja Ag tuvastamine ELISA, IFA, CLIA jne abil)
- Antibiogrammide osakond
- Tuberkuloosi osakond
- Molekulaardiagnostika osakond (respiratoorsete viiruste, herpesviiruste, polüoomiviiruste, parvoviiruse B19 ja algloomade, näiteks toksoplasma ja leishmania tuvastamine molekulaarbioloogiliste meetoditega. Molekulaarepidemioloogilised uuringud nosokomiaalsete patogeenide resistentsuse tuvastamiseks)
Osakond on BSL-2 labor ja kuulub SARS-CoV-2 diagnostilise testimise riiklikku võrgustikku.
Contact: ekraniot(at)yahoo.com
University of Pécs Clinical Center
Department of laboratory medicine – Unit of molecular genetics
Pécs – Hungary
Pécsi Ülikooli Kliiniline Keskus Laborimeditsiini Osakond – Molekulaargeneetika Osakond
- Kliinilise rutiinse diagnostika labor (Lõuna-Dunaanimaa piirkonna suurim laboridiagnostika teenuste pakkuja) Meie laboris tehakse üle 250 tüüpi testi, millest igal aastal tehakse ligi 2,5 miljonit. Meie instituut on FJ-3 labor, mis töötab ööpäevaringselt.
- Molekulaargeneetika Osakond on BSL-2 labor, millel on alates 2016. aastast Riikliku Akrediteerimisasutuse poolt akrediteeritud staatus 15 molekulaardiagnostika testimise töövoo jaoks.
- Diagnostiline palett hõlmab bakteriaalsete ja viiruslike inimese patogeenide nukleiinhappepõhist diagnostilist testimist ja automatiseeritud seroloogilist testimist (HPV, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, B- ja C-hepatiidi viirus, HSV 1/2, CMV, EBV, PB19 ja SARS-CoV-2 kvalitatiivne, kvantitatiivne ja genotüübi analüüs, SARS-CoV-2 anti-spike ja anti-nukleokapsiidi IgM/IgG tuvastamine).
- Pécsi Ülikool arendas mikrobioloogia osakonnas välja bakterioloogia labori (kultiveerimine, seroloogia ja MALDI-TOF analüüs).
- Laboriüksus on akrediteeritud ka II ja V faktori, MTHFR, APOE ning multiresistentsete geenimutatsioonide ja polümorfismide (MDR) geneetiliseks testimiseks.
- Ungari riiklik haigekassa (NEAK) määrab patogeenide testimiseks laboriüksused, kui diagnostiline või seirevajadus ületab riikliku epidemioloogiakeskuse kesklabori võimsuse. Pécsi Ülikool on määratud SARS-CoV-2 diagnostika ja seire eest Lõuna-Dunántúli piirkonnas (3 maakonda).
Contacts: gombos.katalin(at)pte.hu / urban.peter(at)pte.hu
LNS – Laboratoire national de Santé – Department of microbiology
Luxemburg
LNS – Laboratoire national de Santé – Mikrobioloogia osakond
- Avaliku sektori asutus, mis asutati 7. augusti 2012. aasta seadusega ja tegutseb Luksemburgi tervishoiuministeeriumi järelevalve all
- Multidistsiplinaarne instituut 4 osakonna ja 2 riikliku keskusega:
- Riiklik Patoloogiakeskus
- Riiklik Geneetikakeskus
- Meditsiinibioloogia
- Mikrobioloogia
- Kohtumeditsiiniteadus
- Tervisekaitse
- Mikrobioloogia osakond: 3 teenust
- Bakterioloogia – mükoloogia – antibiootikumiresistentsus ja haiglahügieen
- Viroloogia ja seroloogia
- Patogeenide sekveneerimine: avaliku huvi pakkuvate patogeenide epidemioloogiline ja genoomne jälgimine
- Osakond teeb tihedat koostööd tervishoiuministeeriumi (MoH) ja ECDC-ga, et toetada patogeenide seiret
- Mikrobioloogia osakond on nimetatud ägedate hingamisteede infektsioonide, HIV ja viirushepatiidi riiklikuks referentlaboriks
- Osakonna infrastruktuur: BSL-3
Contacts: Trung.Nguyen(at)lns.etat.lu / Megane.Migliorini(at)lns.etat.lu / Sabrina.Deroo(at)lns.etat.lu
Respiratory Virus Laboratory of the Medical University of Łódź
Łódź – Poland
Łódźi Meditsiiniülikooli Hingamisviiruste Labor
Łódźi Meditsiiniülikooli Hingamisviiruste Labor asub Łódźis Poolas.
Meie laboril on vahendid biomolekulaarsete metoodikate läbiviimiseks.
Labor oli üks esimesi referentslaboreid Poolas, mis sai loa keeruka molekulaarse SARS CoV-2 laboris väljatöötatud testi jaoks.
Riiklikul tasandil on järelevalveasutus Riiklik Hügieeniinstituut ja meie labor allub otse eespool nimetatud keskasutusele.
Contacts: izabela.drozdz(at)umed.lodz.pl / maciej.borowiec(at)umed.lodz.pl
INSA – National Reference Laboratory for Influenza and other Respiratory Viruses
Lisbon – Portugal
INSA – Gripi ja teiste hingamisteede viiruste riiklik referentslabor
laboratoorne diagnostika
- Multipleks-PCR (gripp, SARS-CoV-2, hingamisteede viirus)
- Viiruskultuur (gripp, SARS-CoV-2)
- Seroloogia: Gripp (hemaglutinatsiooni inhibeerimise test)
- SARS-CoV-2 (IgG anti-Spike, IgG anti-nuklokapsiid, IgM; immunokemioluminestsentstest – Abbott)
- WGS Gripp ja SARS-CoV-2
- Viirusevastase tundlikkuse testid: fenotüübilised ja genotüübilised testid
Laboriruumid
- BSL2 ja BSL3
- Viirusekultuuri üksus; hingamisteede bakterite üksus (TB, Legionela, Neisseria, Pneumo, Haemophilus)
Gripi ja teiste hingamisteede viiruste riiklik seireprogramm
Contacts: isabel.carvalho(at)insa.min-saude.pt / raquel.guiomar(at)insa.min-saude.pt / Nuno.Verdasca(at)insa.min-saude.pt
CCL – CASSOVIA COVID LAB
Kosice – Slovakia
CCL – CASSOVIA COVID LAB
- COVID-19 akrediteeritud molekulaardiagnostika labor
- Ülikooli labor, BSL-2 labor
- Osa COVID-19 diagnostika riiklikust võrgustikust
- Kahe osakonna ühine töökoht
- Epidemioloogia osakond
- Meditsiinilise ja kliinilise biokeemia osakond
- Muud diagnostilised meetodid: seroloogia, seerumi neutralisatsioonitest – ainult teadusprojektide raames
- Bakterioloogia labor asub meditsiinilise ja kliinilise mikrobioloogia osakonnas
Contacts: monika.halanova(at)upjs.sk / miroslava.rabajdova(at)upjs.sk
Servicio de microbiologia
Hospital La Paz
Madrid – Spain
La Pazi haigla mikrobioloogiateenus
La Pazi ülikoolihaigla on Madridi põhjaosas asuv tertsiaarravi keskus, mis võtab vastu üle 58 000 patsiendi ja ravib aastas üle 1 500 000 ambulatoorse patsiendi. Haigla kliinilise mikrobioloogia ja parasitoloogia osakond on funktsionaalselt jagatud mitmeks üksuseks, mis hõlmavad järgmist:
- Viroloogia
- Seroloogia
- Bakterioloogia
- Mükoloogia
- Parasitoloogia
- Antibiootikumide tundlikkuse testimine
- Järgmise põlvkonna sekveneerimine
- Molekulaarmikrobioloogia uurimis- ja arendustegevus
- BSL-3 labor
Kliinilise mikrobioloogia ja parasitoloogia osakond kasutab nii klassikalisi kui ka molekulaarmikrobioloogia tehnikaid, mis hõlmavad PCR-e, kogu genoomi sekveneerimist ja metagenoomikat. Osakond on ka osa hingamisteede viiruste, sealhulgas SARS-CoV-2 riiklikust seirevõrgustikust.
Contacts: eliedahdouh(at)gmail.com
Clinical Virology – University Hospital Basel
Basel – Switzerland
Kliiniline viroloogia – Baseli Ülikooli Haigla
Missioon
Baseli Ülikooli Haigla kliinilise viroloogia osakond pakub laia valikut analüüse viirushaiguste diagnoosimiseks inimestel. Pühendudes uute tehnoloogiate ja spetsialiseeritud analüüside arendamisele ja valideerimisele, teeme tihedat koostööd arstide ja akadeemiliste partneritega, et pakkuda usaldusväärseid ja tipptasemel diagnostilisi lahendusi nakkushaiguste diagnoosimiseks.
Riiklik seire- ja WHO referentskeskus
Rahvatervise edendamiseks osaleme aktiivselt ekspertiisis, majutades WHO polio- ja enteroviiruste referentskeskusi ning HIV-diagnostika testimise riiklikku kinnituskeskust. Šveitsi rahvatervise föderaalameti poolt määratud keskusena pakume ekspertiisi gripi ja teiste hingamisteede viiruste valdkonnas, toetades riiklikku seire- ja reageerimispüüdlusi.
Laboriruumid ja diagnostika
Meie laborivõimaluste hulka kuulub lai valik diagnostilisi meetodeid, nagu multipleksne PCR-testimine, seroloogia, viiruskultuur, viirusevastane tundlikkuse testimine (fenotüübiline ja genotüübiline), järgmise põlvkonna sekveneerimine ja kolmanda põlvkonna nanopooride sekveneerimine. Kombineerides tipptasemel tehnoloogiaid oma ekspertiisi ja tugeva koostööga kliiniliste meeskondade ja akadeemiliste teadlastega, püüame pakkuda kvaliteetseid diagnostilisi teenuseid ning panustada nakkushaiguste seiresse ja uurimistöösse.
Contacts: karoline.leuzinger(a)usb.ch, rainer.gosert(a)usb.ch